1999年3月20日，琅岐岛迎来了北大、清华两校的领导，经过协商，与两校领导签下了在琅岐举行“北大—清华百年赛艇对抗赛”的协议，赛事第一阶段为期五年（1999—2003）。
首届“琅岐杯”北大—清华百年赛艇对抗赛于1999年7月19日在琅岐岛砚池湖如期举行，这场赛事拉开了百年赛事的序幕，吸引了四万多名观众来现场观看助威，北京大学队因浆栓脱落失利，清华大学队夺冠。
福州市人民政府主办的“琅岐杯”北大—清华百年赛艇对抗赛第二届比赛，于2000年7月23日在琅岐岛砚池湖举行。为了使赛事更加精彩，北大清华赛艇竞赛间隙穿插当地龙舟表演赛，同时北大、清华两校艺术团组团来琅岐文艺演出，为赛事增添无限的光彩。此次比赛清华大学队获胜。
由福州市人民政府主办的“三华杯”北大—清华百年赛艇对抗赛第三届比赛暨海峡两岸高校赛艇邀请赛，在琅岐风情旅游节系列活动的烘托下，于2000年7月21日在琅岐岛砚池湖举行，清华大学队获胜。台湾海洋大学、辅仁大学的加入使比赛的意义更加不同凡响，两岸学子同场竞技，挥桨斩浪、奋勇争先，壮观场面与两岸亲情交融引起各界人士的极大关注。
由福建省人民政府主办的“东南汽车杯” 北大—清华百年赛艇对抗赛第四届比赛暨海峡两岸高校赛艇邀请赛，于2002年7月27日在琅岐岛的砚池湖隆重开拔，两岸莘莘学子你追我赶、龙腾虎跃的壮观场面再次展现，由福建电视台、中央电视台等多家媒体现场直播。最后清华大学队获胜。
由福建省人民政府主办的“精瑛”杯北大—清华百年赛艇对抗赛第五届比赛，于2003年8月16日在琅岐岛砚池湖举行，赛事精彩激烈程度超过往届，清华大学以微弱优势胜出，取得开赛以来“五连冠”的佳绩。比赛期间，隆重开展纪念赛事举办五周年庆祝活动及北大、清华招生推介会，进一步提升赛事文化内涵。