金牌炮台建于清康熙五十七年（西元1718年）。
道光二十九年（西元1849年）林则徐因病辞职归籍，期间曾主持重修金牌炮台。
光绪十年（西元1884年）中法爆发战争，法国军舰入侵闽江口，因李鸿章严令，沿江炮台未予抗击。马江战后，为法国军舰从背后击毁，守军杨金宝部成功将法军登陆部队驱逐。
光绪十二年（西元1886年），闽江口沿江各炮台陆续修复。
民国后，金牌炮台为海军接收，归闽口要塞领导。
民国三十年（公元1941年）日军陷福州，沿江炮台以腹背受敌，主动放弃。炮台为日军摧毁。后成废墟，仅存山巅主炮台和营房残垣。
1986年，金牌炮台列为马尾区文物保护单位。